Desde el primer momento de la sublevación militar, iniciada en Zaragoza en la madrugada del 19 de julio de 1936, las nuevas autoridades pusieron en marcha una represión selectiva para eliminar a sus enemigos políticos e ideológicos. Al principio, en los meses que siguieron a la sublevación, los detenidos no pasaban por tribunales militares ni consejos de guerra y, tras ser asesinados, sus cadáveres quedaban abandonados a orillas del canal Imperial, en los descampados de Valdespartera o en los barrios rurales que rodeaban a la capital.

Unos meses después, puestos ya en marcha los juzgados militares, la mayoría de las ejecuciones se llevaron a cabo en la tapia trasera del Cementerio, junto al mausoleo de Joaquín Costa, en un rito que se repitió hasta agosto de 1946. Los reos procedían de la cercana y entonces nueva cárcel de Torrero, que había sido inaugurada por el dictador Miguel Primo de Rivera en octubre de 1928, y eran trasladados hasta esa tapia de madrugada en una camioneta. Un sacerdote les acompañaba y eran colocados, atados, en fila mirando a la tapia. Tras ser derribados por los tiros del pelotón de fusilamiento, el sacerdote les daba la absolución y la extremaunción, antes de que el teniente de turno se acercara y les descargara el tiro de gracia.

La Iglesia católica denominó a la guerra civil desde el primer momento cruzada por la religión, por la patria y la civilización. Ya durante la guerra, en el bando franquista, los capellanes castrenses y los obispos dedicaron numerosas ofrendas y ceremonias fúnebres a los Mártires de la Cruzada, a militares caídos en combate en el frente y a civiles asesinados en la retaguardia republicana.

Acabada la guerra, las iglesias y cementerios se llenaron de memoria de los vencedores. Según las cifras aportadas por el Ayuntamiento de Zaragoza, en este Cementerio se encontraban enterrados, en diferentes lugares, 3.936 caídos en la Cruzada de Liberación en el frente y hospitales de Aragón. El 14 de julio de 1942, el Pleno Municipal acordó construir una capilla religiosa y dos manzanas de nichos, una a cada lado, para honrar de forma conjunta a los que murieron en la Gloriosa Cruzada. Las obras se adjudicaron un año después y, por problemas presupuestarios, no finalizaron hasta 1945. Los gastos de exhumaciones y traslados a los nichos corrieron por cuenta de la Corporación. Los restos de casi todas esas víctimas, de 3.560 exactamente, fueron llevados en los primeros meses de 1961 al Valle de los Caídos, que había sido inaugurado dos años antes, el 1 de abril de 1959.

Los cadáveres de la mayoría de las personas fusiladas en la tapia trasera del Cementerio, junto al mausoleo de Joaquín Costa, fueron enterrados en este lugar, bajo el andador de la manzana 4, en dos grandes zanjas de 500 metros de longitud y 2 y 4 metros de anchura. Apenas tres semanas después de la sublevación militar, el 5 de agosto de 1936, cuando decenas de personas ya habían sido asesinadas, García Belenguer, concejal del nuevo Ayuntamiento nombrado por los militares rebeldes, solicitó, como puede leerse en el Acta de la sesión de ese día, que fueron llevados compresores al Cementerio para verificar con mayor rapidez los trabajos de aperturas de zanjas.

Las víctimas yacieron aquí, olvidadas, y sin que ninguna autoridad hiciera nada por desenterrarlas y darles una digna sepultura, hasta febrero de 1979, cuando comenzó la exhumación de los restos, que se encontraban en cajas amontonadas una encima de otra, en varias hileras. Había restos de aproximadamente 2.700 víctimas, fusiladas durante la guerra y la posguerra. Todos ellos, menos los restos de 175 navarros y riojanos asesinados por falangistas en la Segunda Bandera de la Legión Sanjurjo, que pudieron llevárselos sus familias tras la exhumación autorizada por el entonces alcalde Miguel Merino, fueron trasladados a una fosa común en el andador de los caídos. El primer alcalde de la democracia, Ramón Sainz de Varanda, elegido en abril de 1979, ordenó construir allí, en recuerdo, un sencillo monumento, una lápida con un monolito, en el que se grabó la inscripción: A cuantos murieron por la libertad y la democracia, 1936-39 y posguerra.

Aquí reposan los restos de unas 2.500 personas fusiladas en la tapia trasera del cementerio, junto al mausoleo de Joaquín Costa, durante la guerra civil y los ocho primeros años de la dictadura del general Franco. Fueron trasladados a este lugar, tras ser encontrados en dos grandes fosas en 1979, bajo el andador de la manzana 4, donde habían permanecido ocultos durante cuatro décadas. En aquella España recién salida de la dictadura, nada se hizo por identificarlos, localizar a sus familias, darles una digna sepultura y los restos, con la excepción de los asesinados de la Segunda Bandera de la Legión Sanjurjo, fueron trasladados a esta fosa común, enterrados de nuevo en silencio. Ramón Sainz de Varanda, el primer alcalde elegido democráticamente tras la muerte de Franco, quiso rescatar a todas esas víctimas del olvido y ordenó erigir este monumento, inaugurado el 1 de noviembre de 1980, en recuerdo a cuantos murieron por la Libertad y la Democracia, 1936-39 y postguerra.

Un decreto del general Franco de 16 de noviembre de 1938, cuando la guerra civil todavía no había acabado, proclamaba día de luto nacional el 20 de noviembre de cada año, en memoria del fusilamiento de José Antonio Primo de Rivera un día como ese de 1936, y establecía, previo acuerdo con las autoridades eclesiásticas, que en los muros de cada parroquia figurara una inscripción que contenga los nombres de sus Caídos, ya en la presente Cruzada, ya víctimas de la revolución marxista.

Ese fue el origen de la colocación de placas en las iglesias y de la construcción de monumentos conmemorativos a los caídos. Finalizada la guerra, España se llenó de memoria de los vencedores. En Zaragoza, en 1941, el alcalde Francisco Caballero propuso eternizar el recuerdo de nuestros mejores y un año después, la Corporación Municipal convocó un concurso de anteproyectos para la realización de ese monumento funerario. Tras varios proyectos inviables, dada su ambiciosa y carísima construcción, el monumento, rematado por una gran cruz, se terminó en 1954 y se colocó en la Plaza del Pilar, donde hoy está situada la fuente de la Hispanidad, dedicado A los héroes y mártires de Zaragoza. Caídos en la Cruzada de Liberación 1936-1939. Allí, cada 20 de noviembre, hasta el final de la Dictadura, se celebraba un acto de homenaje a los caídos en la Cruzada, en el que participaban las principales autoridades del Movimiento Nacional. En 1990, con motivo de la remodelación de la Plaza del Pilar, la Gerencia de Urbanismo del Ayuntamiento de Zaragoza propuso conservar el monumento y trasladarlo a este lugar de acceso principal al Cementerio de Torrero.

En julio de 1936 una parte importante del ejército español se alzó en armas contra el régimen republicano instaurado democráticamente en abril de 1931. La sublevación militar triunfó en la ciudad de Zaragoza y desde el primer instante la obediencia a la ley fue sustituida por el lenguaje de las armas, el desprecio a los derechos humanos y el ejercicio de la violencia. Acabada la guerra, las ejecuciones continuaron durante casi una década.

En este lugar de memoria, construido desde la democracia, por acuerdo unánime del Pleno del Ayuntamiento de Zaragoza de 25 de septiembre de 2009, aparecen 3.543 víctimas de esa represión, 3.096 durante la guerra civil y 447 durante la posguerra, hasta el 20 de agosto de 1946. Al principio, en los meses que siguieron a la sublevación, los detenidos no pasaban por tribunales militares ni consejos de guerra y, tras ser asesinados, sus cadáveres quedaban abandonados a orillas del canal Imperial, en los descampados de Valdespartera o en los barrios rurales que rodeaban a la capital. Unos meses después, puestos ya en marcha los juzgados militares, la mayoría de las ejecuciones se llevaron a cabo en la tapia trasera de este Cementerio, junto al mausoleo de Joaquín Costa.

La información sobre esas víctimas procede de los libros de defunciones del Registro Civil, del Registro del Cementerio de Torrero, de los expedientes de inscripción del Juzgado y de los Archivos Militares. El recuento de estas 3.543 víctimas ha sido posible gracias a la investigación realizada por los historiadores Julián Casanova, Ángela Cenarro, Julita Cifuentes, Mª Pilar Maluenda y Mª Pilar Salomón, divulgada en el libro El pasado oculto. Fascismo y violencia en Aragón (1936-1939).